Program Pendidikan Khas Integrasi (PPKI) diwujudkan di sekolah SMK Pengiran Omar pada Disember 2009 semasa pentadbiran Tn. Haji Mahamad Haji Abdullah. Namun begitu bangunan untuk menempatkan murid-murid Pendidikan Khas Bermasalah Pembelajaran (PKBP) belum lagi siap sepenuhnya.  Pada masa itu, bilangan murid pertamanya ialah 1 orang (lelaki) dan mula mendaftar pada 5 hari bulan Januari 2010. Tenaga pengajar pada masa itu juga cuma terdapat dua orang iaitu Cik Ade Faradella dan En. Bayrei Asrin.

 

Pada tahun 2020, bilangan Murid Berkeperluan Pendidikan Khas (MBPK) di sekolah ini telah bertambah menjadi seramai 33 orang dan tenaga pengajar juga bertambah menjadi 6 orang yang terdiri daripada 1 orang guru lelaki dan 5 guru perempuan serta 3 orang Pembantu Pengurusan Murid (PPM).

​

Pada tahun 2021, bilangan MBPK di sekolah ini telah berkurang menjadi seramai 32 orang dan tenaga pengajar juga telah berkurang menjadi 5 orang yang terdiri daripada 1 orang guru lelaki dan 4 orang guru perempuan. Bilangan PPM pula masih kekal 3 orang. 

​

Pada tahun 2022, bilangan MBPK di sekolah ini telah berkurang menjadi seramai 31 orang dan tenaga pengajar juga telah berkurang menjadi 8 orang yang terdiri daripada 2 orang guru lelaki dan 6 orang guru perempuan. Bilangan PPM pula masih kekal 3 orang. 

​

Pada tahun 2023, bilangan MBK telah bertambah menjadi 33 orang dan tenaga pengajar juga telah bertambah menjadi 9 orang yang terdiri daripada seorang guru lelaki dan 8 orang guru perempuan. Bilangan Pembantu Pengurusan Murid masih kekal 3 orang.

​

Pada tahun 2024, bilangan MBPK telah bertambah menjadi 34 orang dan tenaga pengajar masih kekal 9 orang yang terdiri daripada seorang guru lelaki dan 8 orang guru perempuan. Bilangan PPM pula telah berkurang menjadi 2 orang kerana PPM sebelum ini telah berpindah. 

​

Bagi kemudahan fizikal pula, MBPK ditempatkan di bangunan sendiri dengan 7 bilik iaitu 3 bilik untuk kelas pembelajaran, 1 bilik mandi dan 1 tandas, 1 dapur dan 1 bilik rehat guru.

​

Buat masa ini, PPKI SMKPO hanya menawarkan program dari Tingkatan 1 hingga Tingkatan 3. Bagi subjek kemahiran vokasional pula, PPKI SMKPO menawarkan mata pelajaran Asas Masakan, Pembuatan Roti, Asas Tanaman dan Operasi Pengeluaran Tanaman. Walau bagaimanapun, bermula sesi persekolahan 2023/2023 iaitu bulan Mac 2023, PPKI SMKPO tidak lagi menawarkan mata pelajaran Asas Tanaman dan Operasi Pengeluaran Makanan. Murid yang berminat untuk mempelajari Asas Tanaman dan Operasi Pengeluaran Tanaman perlu bersekolah di SMK Sindumin.